По амнистии от 13 декабря 1994 года «в отношении лиц, участвовавших в противоправных деяниях, связанных с вооруженными конфликтами на Северном Кавказе» были освобождены лишь два человека. 

Сведений об освободившихся по амнистии «в отношении лиц, участвовавших в противоправных действиях, связанных с вооруженным конфликтом на территории Республики Дагестан в январе 1996 года», объявленной 9 февраля 1996 года, у ФСИН и вовсе не оказалось. Этот акт должен был распространяться на участников теракта в Кизляре и захвата села Первомайское, в результате которого, по официальным данным, погибли 78 российских военных, милиционеров и мирных жителей. После провозглашения амнистии лидер боевиков Салман Радуев освободил захваченных им новосибирских милиционеров в обмен на задержанных в Первомайском боевиков. Несмотря на акт об амнистии, под действие которого формально попадал и сам Радуев, в декабре 2001 года Верховный суд приговорил его к пожизненному заключению за нападение на Кизляр и Первомайское, теракт в Пятигорске и другие преступления. 

Самой масштабной стала амнистия, объявленная 26 мая 2000 года в честь 55-летия победы в Великой отечественной войне. Тогда, по официальным данным, на свободу из исправительных учреждений вышли 206 200 человек. Своим постановлением Госдума освободила от наказания впервые осужденных к лишению свободы на срок до трех лет, бывших военнослужащих действующей армии, беременных, женщин с несовершеннолетними детьми и детьми-инвалидами, мужчин старше 55 лет и женщин старше 50 лет, инвалидов первой или второй группы и больных туберкулезом, относящихся к первой и второй группе диспансерного учета, и несовершеннолетних, осужденных к лишению свободы на срок до пяти лет и ранее не отбывавших наказаниях в воспитательных колониях. 

Спустя год депутаты дополнительно приняли постановление «Об объявлении амнистии в отношении несовершеннолетних и женщин», практически повторяющее текст предыдущего документа. По ней освободились еще 31 913 человека. Она стала последней широкой амнистией за годы президентства Путина. 

Последний раз депутаты принимали постановление об амнистии 18 декабря 2013 года в связи с 20-летием Конституции. Поскольку к третьему чтению проект был значительно урезан, вместо предполагаемых 20 тысяч заключенных под нее попали лишь 1 132 человека.

Согласно внесенному Путиным постановлению об амнистии в честь 70-летия Победы, под нее попадут впервые осужденные к лишению свободы за умышленные преступления небольшой и средней тяжести и «имеющие определенные заслуги перед страной», участники боевых действий по защите Отечества, военнослужащие, сотрудников правоохранительных органов, ликвидаторы последствий катастрофы на Чернобыльской АЭС, осужденные на срок до пяти лет включительно, совершившие преступления по неосторожности и несовершеннолетние, осужденные на тот же срок и ранее не отбывавшие наказание в местах лишения свободы. Самая большая категория заключенных, которые подпадают под новую амнистию — осужденные, неотбытая часть наказания которых на день окончания исполнения постановления об объявлении амнистии составляет менее одного года. Таких насчитывается до 50 тысяч человек.